Le principal enjeu du réseau Natura 2000 est de maintenir, dans un état de conservation favorable à la biodiversité, les habitats naturels et les espèces d'intérêt européen tout en tenant compte des exigences sociales, économiques et culturelles des territoires.
Afin de répondre à cet enjeu, chaque Etat-membre définit sa méthode et ses outils. La France base ses actions autour de la concertation et du volontariat.
Ainsi, la mise en place et l'animation de chaque site Natura 2000 en France s'articule autour de l'élaboration puis de la mise en oeuvre d'un document d’objectifs (DOCOB).
Ce document cadre établit des diagnostics écologique et socio-économique, détermine des enjeux et objectifs de conservation, déclinés en un programme d'actions.
L’élaboration du DOCOB est fondé sur un travail partenarial avec l’ensemble des acteurs locaux (groupes de travail, entretiens, …), et sous l’égide d’un comité de pilotage (COPIL), réunissant entre autres des représentants des services de l’Etat, des collectivités territoriales, des propriétaires, exploitants et usagers.
La composition de cette commission est définie par arrêté préfectoral.
Une fois le DOCOB approuvé par l’Etat, le comité de pilotage est maintenu afin de suivre, orienter et évaluer les actions mises en oeuvre.
Mise en oeuvre du programme d'actions du document d'objectifs :
Afin de mettre en oeuvre les mesures du DOCOB, 3 outils contractuels sont proposés aux propriétaires et gestionnaires, de façon à les impliquer dans la gestion du site et encourager les pratiques favorables à l’environnement.
1) Les mesures agri-environnementales et climatiques (MAEc)
Les exploitant(e)s de parcelles agricoles incluses dans un site Natura 2000 peuvent souscrire une ou des MAEc sur une partie ou la totalité des parcelles gérées. Ces mesures visent à favoriser la préservation de la biodiversité par le maintien ou le retour de pratiques agricoles adaptées. En contrepartie du respect du cahier des charges pendant toute la durée d'engagement (5 ans), l'exploitant(e) reçoit une compensation financière(compensation de la diminution du rendement provoquée, du travail supplémentaire sollicité, ...)
2) Les contrats Natura 2000
Les contrats Natura 2000 sont souscrits avec l’Etat sur les parcelles non agricoles incluses dans un site Natura 2000. Ils permettent une prise en charge financière totale de travaux de restauration et d’entretien des milieux naturels.
L’adhésion à la charte Natura 2000 est possible pour les propriétaires de parcelles non bâties incluses dans le site Natura 2000. En souscrivant à la Charte, le propriétaire ou ayant-droit s'engage pour 5 ans à maintenir une gestion durable de ses terrains. En contrepartie, le signataire bénéficie d’exonérations fiscales, dont celle sur le foncier non bâti.