Le plan d'action du site Natura 2000 prévu dans le document d'objectifs de 2004 a été découpé en 6 grands thèmes en fonction des objectifs de gestion durable et des objectifs opérationnels.
Thème 1 : Les actions d’animation du document d’objectifs, de communication, d’information et de formation
- A1 : Structure d’animation (opérateur technique)
- A2 : Comité de suivi du site Natura 2000 des Gorges du Haut-Cher
- CO1 : Formation et information interservices - Services de l’Etat, Collectivités
- CO2 : Poursuite de la publication de la lettre Natura 2000
- CO3 : Mise en place d’une information grand public in situ
- CO4 : Information « Chiroptères » grand public
- CO5 : Information « Chiroptères » à destination des collectivités et professionnels
Thème 2 : Les actions de coordination des procédures et de réglementation
- R1 : Coordination des politiques de l’Etat
- R2 : Compatibilité des documents d'urbanisme
- R3 : Évaluation des incidences au titre de l’article 6
Thème 3 : Les actions liées à la fréquentation touristique et de loisirs du site
- L1 : Animation nature
- L2 : Maîtriser l’accès des véhicules motorisés en bordure de cours d’eau
- L3 : Maîtrise de la fréquentation sur les Côtes de Nerdres
- L4 : Protection des habitats de Chiroptères sur les Côtes de Nerdres
Thème 4 : Les actions liées à la gestion de l’eau
- GE 1 : Résorption des sites de décharges en bordure de cours d’eau dans les gorges
- GE 2 : Diminution des impacts des retenues sur la qualité de l’eau
- GE 3 : Etude de franchissabilité des seuils et retenues
- GE 4 : Amélioration de la qualité de l’eau
Thème 5 : Les actions de gestion des milieux naturels
- GN 1 : Etude de faisabilité de gestion (préalable à GN1 et GN2)
- GN 2 : Gestion des landes de Nerdres par pâturage
- GN 3 : Gestion des landes de Nerdres par entretien manuel
- GC 1 : Préservation des espaces de lisière en bordure de cours d’eau
- GC 2 : Entretien raisonné des berges
Thème 6 : Les actions de suivi scientifique, d'évaluation et de suivi du programme
- S1 : Suivi de la qualité de l’eau du Cher
- S2 : Suivi des habitats d’intérêt communautaire
- S3 : Caractérisation des forêts de ravins à Tilleuls et Erables
- S4 : Prospection de l’Ecrevisse à Pieds Blancs
- S5 : Suivi de la Loutre d’Europe
- S6 : Suivi des Chiroptères
- REV 1 : Suivi des actions